История продолжается с того, на чём закончился первый сезон. Махоро снова возвращается к спокойной нормальной жизни в качестве горничной в доме Мисато, после того, как она закончила свою битву с Ryuga. Последний, с другой стороны, начинает думать "Я хочу жить как нормальный человек" и становится преподавателем, хотя Slash ему пока не доверяет.
В один мирный день появляется загадочная девочка. Она андроид (CODE370), её имя - Minawa, и она является младшей сестрой Mahoro.
